住房公积金的扣费方式通常基于员工工资的一定比例。具体扣费比例由当地住房公积金管理中心规定,通常为员工工资的5%-12%。雇主和员工各承担一半,每月从工资中扣除。扣费金额会直接转入个人住房公积金账户,用于购房、租房等住房相关支出。员工离职时,可申请提取住房公积金余额。